工厂出口退税和贸易公司退税各有其优缺点。

工厂出口退税的优点主要包括：

1. 退税比例相对较高，因为是直接生产环节的增值税返还。

2. 更适用于直接从事生产的企业，可以鼓励企业扩大出口，增加外汇收入。

然而，工厂出口退税也存在一些缺点：

1. 退税时间长，流程多，要求高，单据容易出错，这可能导致退税失败。

2. 需要工厂具备一定的财务和税务处理能力，以应对复杂的退税流程和规定。

相比之下，贸易公司退税的优点主要有：

1. 退税操作相对简单，因为贸易公司通常只涉及商品的购销环节，不涉及生产环节。

2. 贸易公司的退税款计算基数是购进出口货物的增值税专用发票注明的金额，相对明确。

但是，贸易公司退税也存在一些缺点：

1. 退税额可能受到国内采购部分发生的增值税的影响，如果国内采购环节的增值税较高，退税额也会相应减少。

2. 贸易公司需要密切关注出口退税政策的变化，以便及时调整经营策略，适应市场需求。

需要注意的是，这些优缺点并不是绝对的，而是根据一般情况总结出来的。在实际操作中，工厂和贸易公司应根据自身的实际情况和经营需求来选择适合的退税方式。