工厂出口退税和贸易公司退税之间存在一些差异。这些差异主要体现在退税的计算方法、退税款的计算基数以及退税的具体操作等方面。

1. 退税计算方法：生产企业实行免、抵、退税三种方法，并且生产企业只能出口本企业经营范围内的产品。免指的是免征出口环节增值税，抵指的是抵减内销产品应纳税额，退指的是退还以前环节所缴纳的增值税。外贸企业则实行免、退税方法，即对本环节中的增值部分免税，进项税额退税；所退税额是国内采购部分发生的增值税。

2. 退税款计算基数：生产企业出口货物劳务“免、抵、退”税额，根据出口货物劳务的实际离岸价、出口货物退税率计算。而外贸企业出口货物劳务退税额，根据购进出口货物劳务的增值税专用发票注明的金额和出口货物退税率计算。

3. 退税操作：生产企业需要自行申报免抵退税，而外贸企业则可以通过出口退税申报系统进行退税申报。在具体操作时，生产企业需要将出口货物的相关信息录入到免抵退税申报系统中，并生成相关的电子数据进行申报。外贸企业则需要将购进出口货物的增值税专用发票信息录入到出口退税申报系统中，并生成相关的电子数据进行申报。

总的来说，工厂出口退税和贸易公司退税的差异主要体现在退税的计算方法、退税款的计算基数以及退税的具体操作等方面。这些差异使得工厂和贸易公司在退税时需要采取不同的策略和操作方法。